EKL tika dibināta 1997. gada 20. maijā (oficiāli reģistrēta 10. jūnijā), lai stiprinātu Latvijā eiropeisko apziņu un veicinātu diskusijas par ES jautājumiem, kā arī Latvijas dalību Eiropas Savienībā. Cita starpā, tai bija liela loma, īstenojot sabiedrisko kampaņu pirms referenduma par Latvijas iestāšanos ES (2003. gads).
Pēc tam kad Latvija 2004. gadā kļuva par ES dalībvalsti, EKL sāka aktīvāk strādāt pie Latvijas interešu aizstāvības Eiropas Savienībā. Turpinājās arī darbs pie Latvijas pilsoniskās sabiedrības stiprināšanas.
2005. gadā EKL kopā ar citiem partneriem no nevalstiskā sektora panāca, ka tika noslēgts Nevalstisko organizāciju un Ministru kabineta sadarbības memorands , kas paredzēja arī īstenošanas padomes sēdes klātienē.
Savukārt 2006. gadā tika pieņemta Deklarācija par pilsoniskās sabiedrības attīstību Latvijā un sadarbību ar nevalstiskajām organizācijām , kas paredz arī ikgadējā Saeimas un nevalstisko organizāciju foruma rīkošanu.
EKL ir aktīvi iesaistījusies gan Memoranda padomes, gan Foruma darbā. Cita starpā, tā bijusi Memoranda padomes locekle 2007.-2008. gg. (t.sk. gadu Andris Gobiņš, EKL prezidents, ir bijis priekšsēdētāja vietnieks) un atkārtoti ieguva mandātu 2010. g. septembrī uz 18 mēnešiem. Tāpat EKL ir piedalījusies Saeimas un NVO forumu gatavošanā un arī šobrīd ievēlēta Saeimas un NVO sadarbības grupā. Papildus tam EKL ir arī citos veidos sadarbojusies ar valsts pārvaldes iestādēm, pašvaldībām un pilsoniskās sabiedrības pārstāvjiem.
2009. gadā tika uzsākts un šobrīd turpinās darbs pie jaunā sabiedrības līdzdalības modeļa izveides Latvijai, kurā EKL ir aktīvi piedalījusies kopš pašiem pirmsākumiem.
Vēl viens svarīgs posms organizācijas attīstībā iesākās 2010. gada rudenī, kad EKL prezidents Andris Gobiņš kļuva par Eiropas Ekonomikas un sociālo lietu komitejas locekli.
EKL prezidenti:
- 1997-1999 Gunārs Meierovics (sākot ar 1999. gadu un līdz savai nāvei 2007. gadā – EKL Goda prezidents)
- 1999-2003 Dr. Ainārs Dimants
- 2003 – pašlaik Andris Gobiņš